中国科学院南京地理与湖泊研究所位于江苏省南京市玄武区玄武湖畔，前身系1940年8月成立的中国地理研究所，1988年1月改名为中国科学院南京地理与湖泊研究所并沿用至今，是中国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的中国地理研究所。 

研究所科技创新发展总体布局为长期聚焦“湖泊关键过程与多要素相互作用机理”和“湖泊-流域系统演变及对人类活动的响应与综合管理”两大基础科学问题研究；重点发展“物理湖泊与水文、湖泊生物与生态、湖泊沉积与环境演变、湖泊环境与工程、流域水文与资源环境、区域经济地理、遥感与地理信息科学”七个学科方向；支撑“湖泊水环境治理与生态修复”和“区域可持续发展规划与评估”两大战略研究领域。